益生菌对人体的健康益处已在行业内达成共识，包括有助于抑制潜在的病原菌、增强肠道屏障功能、抑制炎症及调节免疫反应等，益生菌行业发展迅速。

但目前我国的标准法规中尚未制定益生菌的定义，行业内普遍采用FAO/WHO对益生菌的定义，即“益生菌是活的微生物，当摄入足够数量时，对宿主起有益健康的作用”。该定义涵盖了三个方面的要求，一是益生菌是活菌，二是益生菌发挥作用需要“足够数量”，三是益生菌具有有益健康的功能。

2019年，中国营养学会益生菌益生元与健康分会发布了《中国营养学会益生菌与健康专家共识》，明确“只有在进行分离鉴定、安全评价及功能试验后且符合益生菌概念的，才能称为益生菌”。

我国对于可食用菌种采用名单管理，益生菌作为菌种受到可食用菌种名单的管理。也就说按照目前我国对菌种的管理以及行业共识，只有在国家卫健委发布的《可用于食品的菌种名单》和《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中且符合益生菌定义的，才属于可用于食品的益生菌。

《益生菌类保健食品申报与审评规定（试行）》（国食药监注〔2005〕202号）中规定了可用于保健食品的益生菌菌种名单，可以作为菌种属于益生菌的参考。

对于符合益生菌定义未列入《可用于食品的菌种名单》和《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中的菌种，企业可按照《新食品原料安全性审查管理办法》的规定，进行申报，批准后才可用于食品。

建议食品企业在选择益生菌菌种供应商时，确认菌种菌株号和分离来源，选择具有第三方机构鉴定﹑安全性评价的菌种，选择具有人体或临床试验研究评价材料或文献等的菌种。

参考中国食品工业协会发布的团体标准《益生菌食品》（T/CNFIA 131-2021），益生菌食品是指添加了益生菌，并且在保质期内益生菌活菌数量符合一定要求的食品。可见，对于益生菌食品来说，活菌数量以及维持活菌状态至关重要，对于不能确保活菌状态的产品来说，不建议使用“益生菌”进行标示。

从目前市场上的益生菌类食品来看，主要包括即食型益生菌食品和添加了益生菌的食品。即食型益生菌食品主要包括颗粒、冲剂、粉剂、片剂等形式的产品，如益生菌粉、益生菌冲剂；添加了益生菌的食品包括保健食品和普通食品，主要食品类别包括饮料、乳制品、代餐食品、糖果、巧克力等。

目前，益生菌食品应根据其具体食品类别确定应执行的食品安全通用标准和食品安全产品标准，同时，应符合其产品执行标准的要求。如益生菌粉固体饮料，应符合通用标准对固体饮料的指标要求以及《食品安全国家标准 饮料》（GB 7101-2022）和其他相关标准（如采用推荐性标准）的要求；益生菌饼干应符合通用标准对饼干的指标要求以及《食品安全国家标准 饼干》（GB 7100-2015）和其他相关标准（如采用推荐性标准）的要求。

《预包装食品标签通则》（GB7718-2011）问答（修订版）对食品中菌种的标示进行了明确，要求预包装食品中使用了《可用于食品的菌种名单》和《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中菌种的，应当按照《预包装食品标签通则》（GB 7718-2011）的要求标注菌种名称，企业可同时在预包装食品上标注相应菌株号及菌种含量。

为了规范食品中菌种的使用，目前《食品安全国家标准 食品加工用菌种制剂（意见稿）》《食品安全国家标准 食品用菌种安全性评价程序（意见稿）》《益生菌类保健食品申报与审评规定（征求意见稿）》等标准法规已公开征求意见，对于添加菌种，采用“益生菌”进行标示的产品来说，企业应多关注相关标法的制修订动态，做到合规生产经营。